| 深刻度 | 環境依存 | 内容 |
| 大＋ | あり | ボス撃破時にエラー落ちする事がある。 |
| 大 | あり | アリス装備でステージクリア後のメニュー表示時、背景が止まるまでに決定ボタンを押すとエラー落ちする。 |
| 大－ | なし | EX挑戦可能にしてあるキャラがEXに挑戦できなくなる。 |
| 中 | なし | リプレイずれ関連(地) |
| 中 | 不明 | BGMが消えてロード画面から進まなくなる。 |
| 中 | 不明 | 交信強度が下がっているにも拘らず表示が点滅する |
| 中 | なし | スペルカードボーナスがおかしくなる。 |
| 小 | なし | スペルカードをタイムアップした際、不具合が生じる。 |
| なし | なし | 6面中ボス・EX中ボスが出てくる瞬間にボムを撃つと会話前に撃破できる。 |
| なし | なし | 実時間が100秒をオーバーすると999.99秒と表示される。 |
| なし | なし | プラクティスステージクリア後、背景が止まるまでの間に自機を操作できる。 |
| なし | なし | 4面で他のパートナースペカに挑戦できない。 |
| なし | なし | 誤表記関連(地) |
| 深刻度 | 環境依存 | 内容 |
| 大＋ | 不明 | EXに挑戦できなくなる。 |
| 大＋ | 不明 | ボス撃破時にエラー落ちする事がある。（星） |
| 大－ | あり | 1.00bパッチを適用後の初回起動時にセーブデータが初期化される。 |
| なし | なし | スコア表示が21億を超えると表示がおかしくなる。 |
| なし | 不明 | EX開放されないのにENDで「EXに挑戦」と出る。 |
| なし | 不明 | 体験版と製品版が同時に起動できる。 |
| なし | 不明 | キャラを選択したとき立ち絵が表示されない事がある。 |
| なし | なし | 誤表記関連(星) |
| なし | あり | 一部のビデオカード及びオンボードにて聖輦船の影が黒く表示されない。 |
| なし | なし | 4面道中曲にノイズが乗る。 |
| 状態 | 深刻度 | 環境依存 | 内容 |
| 修正済 | 大＋ | なし | スコアが10億を超えるとエラー落ちする。 |
| 深刻度 | 環境依存 | 内容 |
| 大＋ | なし | 存在しない弾に当たる。 |
| 大＋ | なし | 直前にクリアしたスコアがハイスコアと置き換わる。 |
| 大－ | 不明 | スコアが消失する。 |
| 中 | なし | Pを押してもスナップショットが出力されない |
| 中 | なし | 「次の取材へ」関連の不具合 |
| 小 | 不明 | 自機のドット絵が変更される。 |
| 小 | なし | リプレイを再生すると、自分でプレイしていないレベルの音楽が選択可能になる。 |
| 小 | なし | No.21以降のリプレイが再生できない。 |
| なし | なし | タイムアップした時に違うキャラになって逃げていく |
| なし | なし | 音楽室に登録されない曲がある |
| なし | なし | 誤表記関連(ダ) |
| 深刻度 | 環境依存 | 内容 |
| 大 | なし | プレイしたのとは異なるステージ・ルートとしてスコアが記録される |
| 大 | なし | A-1のラストスペルを撃破時にスターが残ってしまいクリアにならない |
| 大 | なし | ルナチャイルドが弾を出さなくなる |
| 大 | なし | 左下の雪印と実際のボム個数が対応しない |
| 大－ | なし | リプレイを再生すると金(ノーアイス勝利回数)に加算される |
| 小 | なし | 選択表示がずれる |
| なし | なし | リプレイポーズ時のメニューがずれている |
| なし | なし | 誤表記関連(妖精大戦争) |
| 深刻度 | 環境依存 | 内容 |
| 大＋ | 不明 | ゲームを再起動するとクリアデータやスコアデータが消える |
| 大＋ | 不明 | ED終了後に強制終了する |
| 大＋ | 不明 | リプレイずれ関連(神) |
| 中 | なし | プレイしていないステージのプラクティスが開放される |
| 中 | なし | プラクティスのリプレイを最後まで再生すると強制終了する |
| なし | 不明 | １面ボスで霊界が終了しても背景が霊界のまま |
| なし | なし | 1.00cパッチを適用すると3面最後のスペルカードの神霊配置がおかしくなる |
| なし | なし | 通しプレイ時とスペルプラクティス時でボスの位置が異なる |
| なし | なし | ルナティックラスボス最初のスペルで弾が一部出ない |
| なし | なし | 5面ボス曲のループ位置がおかしい |
| なし | なし | タイムの一の位がずれて表示される |
| なし | なし | スペルプラクティスからタイトルに戻った時右端に桜エフェクトが残る（未作成） |
| なし | なし | 誤表記関連(神) |
| 状態 | 深刻度 | 環境依存 | 内容 |
| 修正済 | 大＋ | なし | No.118のスペルカード終了時に強制終了する |
| 修正済 | 大＋ | なし | スペルプラクティスで通常弾幕で攻撃してくる |
| 修正済 | 大 | なし | ユーザーリプレイが表示されない |
| 修正済 | 小 | なし | ノーマル以上を特定条件でノーコンティニュークリアするとEXが解放されない |
| 修正済 | なし | なし | スペルプラクティスで解放していないスペルを選択するとフリーズする |
| 深刻度 | 区分 | 内容 |
| 中 | 全作品共通 | 一部のパッドが反応しない |
| 小 | 紅～星 | Vistaにインストールする場合の不具合 |
| 小 | 紅～風 | バックグラウンドから戻ると入力が入ったままになり暴走することがある。 |
| 小 | 紅・妖 | キーの入力に遅延がある。 |
| 小 | 風～ | 文字列表示の不具合 |
| 小 | 地～ | ウィンドウモードで最小化した状態で終了すると、ウィンドウが画面外に出て戻せなくなる |
| 小 | 妖～ | 起動に失敗する |
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